Das wohl bedeutendste Element im Zen-Buddhismus ist das Zazen. Der Name Za-zen setzt sich aus den Wortkomponenten Za und zen zusammen. Zen geht auf den chinesischen Ausdruck des „Chan“ zurück und dieser ist wiederum aus dem Sanskrit von „dhyana“ abgeleitet, was soviel wie Versenkung meint. Za meint übersetzt „sitzen“. So meint die Kombination der beiden Wörter zu Za-zen möglichst getreu übersetzt das „Sitzen in Versunkenheit“ . Zazen als Meditation zu bezeichnen ist aber eigentlich nicht korrekt. Denn Zazen unterscheidet sich durch einige Feinheiten von konventionellen Meditationsstilen. Im Zazen wird vieles über den Zen-Buddhismus selbst ersichtlich. Zum einen werden hier durch die volle Lotushaltung (jap. Kenkafusa) oder die halbe Lotushaltung (jap. Hankafusa) die teils yogischen Ursprünge des Buddhismus schlechthin deutlich.
Beim Ausführen des Zazen sind wiederum wichtige Sachen zu beachten. So darf der Raum nicht zu hell sein, kein Durchzug herrrschen. Die Haltung des Praktizierenden selbst im Zazen soll entspannt aber nicht schlaff sein. Man soll mit geradem Rücken sitzen. Die Augen sind in einem Winkel von 45 Grad nach unten gerichtet, der Hinterkopf ein wenig nach oben gezogen. Oft wird die Stellung so beschrieben, dass man den Hinterkopf so nach oben strecken sollte, als ob man eine Zimmerdecke auf seinen Kopf tragen müsste. Dadurch streckt sich dieWirbelsäule. Dass Kinn ist ein wenig angezogen. Man würde nun meinen, dass diese Haltung nur entspannt sei, doch in Wirklichkeit ist die Position des Zazen durchlebt von Entspanntheit in den Muskeln aber einer gleichzeitigen Anspannung in der Wirbelsäule und einer erhöhten reziptiven Konzentration:
„Wenn sich nämlich Füße, Beine, Arme, Hände, Rumpf und Kopf geordnet und unbeweglich in der herkömmlichen Lotushaltung befinden, der Atem geregelt ist, die Gedanken methodisch zur Ruhe gebracht werden, wenn Kontrolle über die Empfindungen und Stärkung des Willens entwickelt und tiefe Stille im inneresten Bereich der Seele erzeugt wird - mit anderen Worten: wenn man Zazen übt -, dann sind die besten Vorbedingungen geschaffen, um den Herzgeist zu schauen und das wahre Wesen des Daseins zu entdecken." (Kapleau, Ph.: Die drei Pfeiler des Zen. . S. 35)
Duch Lenkung der Aufmerksamkeit auf den Atem, der laut Zen-Ideologie das zentrale Element im Zazen ausmacht wird also auch das Bewusstsein ausgerichtet.. Die Atmung, welche schon in den indischen Systemen wie auch dem Yoga eine Ausnahmerolle zukommt, ist auch für den Zen-Buddhismus das zentrale Element der leiblichen Erkenntnis und Steuerung, zumindest im Prozess des Zazen. Dies wird dadurch begründet, dass der Atem einerseits nicht bewußt von uns gesteuert wird, also wie unsere Organe, denn wir denken nicht immer darüber nach, wann wir ein und ausatmen müssen.
Andererseits kann der Atem aber bewusst auch beeinflusst werden. Somit ist eine Veränderung bzw. Harmonisierung der Person nur über die Atmung möglich. Dies scheint auch überhaupt nicht unnachvollziebar zu sein, da hierzulande einige psychische Erkrankungen wie z.B. die Hypochondrie auch einen gestörten Atmungsrythmus aufzeigen. Somit ist der Zusammhang von Atmung und leiblichem Wohlergehen durchaus gerechtfertigt.
In der Regel gibt es nun in der Zazenhaltung verschiedene Stufen der Konzentriertheit, bzw. Versenkung. Einem Anfänger wird in der Regel, aufgrund seiner Ungesammeltheit, die Aufgabe gegeben, zunächst während des Zazensitzens seine Atmung zu zählen. So wird jedes Ein- und Ausatmen gezählt und somit verhindert, dass sich der Geist auf gegensätzliche Gedanken einlässt. So zählt der Praktizierende von 1 bis 10 und fängt bei gelingen dann wieder von vorne an.Zudem wird auch kein Bild (Abbild) bzw. Mandala wie dies vor allem in der indischen Form der Meditation verwendet wird. In der nächsten Stufe wird die länge der ununterstützten Konzentration auf das Zählen nur der jeweiligen Ausatmung verlagert, die aber die Einatmung mit einbegreift. Jedoch ist es so, dass wenn der Übende nur einen Gedanken in sich aufsteigen sieht, der ihn die nächste Zahl beim Zählen vergessen lässt, muss er mit der Übung erneut bei 1 beginnen. Somit wird eine zunehmende Klärung des Geistes und dessen Konzentration herbeigeführt. Ein weiterer Schritt wäre es dann, die Einatmung zu zählen, die laut Aussagen von Zenmeistern, schwieriger zu bewerkstelligen ist als das Zählen von Ausatmungen, da die meisten menschlichen Handlungen beim Ausatmen geschehen. Kann nun der Praktizierende auch die Einatmungen problemlos und ohne in andere Gedanken abzuschweifen durchführen, wird ihm eine neue Aufgabe gegeben.
Nun soll er nur noch den Verlauf seiner Atmung von den Nasenlöchern in die Bauchgegend verfolgen. Denn die Atmung in der Zazen-Haltung soll tief sein, also bis in die Bauchhöle hinunter gehen. Der Übende soll sich die Atmung als Energiefluss vorstellen wie sie in den Leib kommt und diesen wieder verlässt. Diese Übung ist sicherlich schwerer zu meistern, da hier viele Aspekte der Atmung beachtet werden können. Wie warm ist die Luft die eingeatmet wird, wie warm wenn sie wieder austritt usf. Ziel scheint es zu sein, die geistig-körperliche Verbundenheit und Bewußtheit fortwährend auszuweiten und dementsprechend breitet sich diese Bewußtheit auch immer mehr auf den eigenen Leib aus. Die letzte Stufe der Übung welche dem Übenden gegeben wird ist die des „Shikan-Taza“ (auschließlich Sitzen). Diese Form des Zazen ist die deutlich schwerste Form, die viele Praktizierende erst nach Jahren erreichen können. Die Schwierigkeit in dieser letzten Übung liegt darin, das der Praktizierende nicht mehr bewusst atmen soll. Die Art und Weise von Shikantaza soll in folgender Beschreibung Kapleaus verdeutlicht werden:
„Nun ist die eigentliche Grundlage von Shikantaza der unerschüttliche Glaube, daß es die Verwirklichung und Entfaltung des uns allen innewohnenden Bodhi-Geistes ist, zu sitzen, wie der Buddha saß, den Sinn leer von allen begrifflichen Vorstellungen, von allen Ansichten und Gesichtspunkten.“ (Kapleau, Ph.: Die drei Pfeiler des Zen. S. 32)
Shikantaza meint der Zen-Lehre nach, den Buddha im Erleuchtungsakt körperlich "nachzuahmen" wobei dies nicht bei der technischen Seite stehen bleibt. Man lernt sitzen, die Körperhaltung als Waage zwischen Spannung und Entspannung, eingeleitet durch den Atem, der zuerst bewußt, allmählich in ein unbewußtes "Da-Sitzen" übergeht. Der Übende soll schließlich vergessen haben, dass er atmet. Er sitzt in der Zazenhaltung und „wird geatmet“. Dies kann man gleichbedeutend mit dem „Absterben“ des egoistischen Ichs bezeichnen, denn nur wenn man das Ich soweit durch die Praxis „abgetragen“ hat, das es sich nicht mehr bewusst ist, kann man auch in der Haltung des „Shikantaza“ einfach nur sitzen, ohne sich auf die Atmung zu konzentrieren. Um hier Missverständnisse über wirkliches Zazen zu klären, ist es wichtig festzuhalten, dass vor der Fähigkeit des Prakitzierens im interssenlosen Sitzen des Shikantaza nicht im wirklichen Sinne von Zazen gesprochen werden kann. Diese Form des Zazen wird dann auch oft mit „Dem Denken aus dem Grunde des Nicht-Denkens“ bezeichnet. Die Übungen zuvor sind zwar der Anfang oder die Propädeutik hin auf Zazen aber erst im Shikantaza, zumindest nach der Überzeugung der Sôtô-Sekte, wird Zazen überhaupt erst wirlklich praktiziert. Außerdem besteht bis zum Punkt des Shikantaza noch ein reges Interesse, nämlich darin, Erleuchtung zu erlangen. Doch es ist „unnötig wie unerwünscht, bewußt nach Satori oder irgendeinem anderen Vorteil durch Zazen zu streben.“ Denn dieses Streben verhindert letzendlich eine leibliche Ausrichtung bzw. Einlassung auf den Weg des Zen um Erleuchtung zu finden. Denn Zazen lässt sich in seinem originären Sinn nicht verzwecken zu einem Ertrag bzw. Gewinn aufgrund einer höheren Ausgerichtetheit, nicht wie etwa die körperliche Kontrollierung und Optimierung durch die Institutionen der Philantropine am Ende des 18 Jahrhunderts. So bemerkt der bedeutendste Meister des 20. Jahrhunderts im Sôtô-Zen, Kodo Sawaki (1880-1965) einmal:
„Wenn man mich fragt, was Zazen bringt, sage ich, dass Zazen überhaupt nichts bringt. Und dann machen manche ein langes Gesicht und sagen, dass sie lieber mit Zazen aufhören wollen. Doch was bringt es uns eigentlich, Tag ein Tag aus herumzuhetzen auf der Suche nach Befriedigung? Was bringt uns das Glücksspiel? Und was das Tanzen? Was bringt es uns, uns über Sieg oder Niederlage beim Baseball aufzuregen? Es bringt überhaupt nichts! Deshalb ist nichts so konsequent wie das schweigende Sitzen in Zazen. Dass etwas nichts "bringt", bedeutet in der Welt doch meist nur, dass es kein Geld einbringt.“ (Kapleau, Ph.: Die drei Pfeiler des Zen. S.32.)
Die Wiedergabe Sawakis berschreibt ziemlich präzise die Haltung, die man gegenüber dem Zazen einnehmen muss. Es geht letztendlich um ein interessenloses Sitzen, was die Form des Shikantaza darstellt. Doch die Interessenlosigkeit verwirklicht sich erst in der Position selbst, da man vorher schlecht ein Hingehen zum Sitzen aus Interessenslosigkeit behaupten kann.